· تشکیلات گمرکی در ایران سابقه دیرینه دارد. در زمان اشکانیان (‌سده سوم قبل از میلاد) سازمان منظم گمرکی وجود داشته و شعب آن در مرزها آمار واردات را در دفاتر مخصوصی ثبت و حقوق معینی دریافت می‌کردند. در این دوره صادرات از پرداخت حقوق گمرک معاف بوده است.‏

· در زمان ساسانیان (‌سده چهارم تا ششم میلادی) حقوق گمرکی به میزان یک دهم ارزش یا مقدار از واردات دریافت می‌شده است.‏

· با ورود اسلام به ایران این رویه در سایر ممالک اسلامی رایج گردید. در دوره صفویه عوارض گمرکی کالاها با توجه به بهای آن تعیین می‌شد. از سال ۱۰۵۳ هجری شمسی (۱۶۷۴ میلادی)‌ گمرک به صورت اجاره ای اداره می‌شد و این ترتیب بیش از دو قرن ادامه داشته است.‏

· در سال ۱۳۳۶ هجری شمسی (۱۹۵۷ میلادی) گمرک به وزارت منظم و از ‏۱۳۴۵‏ هجری شمسی (۱۹۶۶ میلادی) از وزارت اقتصاد مجزا و به وزارت دارایی ملحق شد. هم اکنون گمرک ایران از سازمانهای وابسته به وزارت امور اقتصاد و دارایی است.‏

تاریخچه گمرک در ایران

گمرک سابقه‌ای به قدمت تاریخ دارد . البته این ادعا نه اغراق است نه از باب مباهات ، بلکه واقعیت انکارناپذیری است که در مورد بسیاری از سازمانهای دولتی مانند ارتش و نیروهای دفاعی یا سازمانهایی مانند سازمانهای خدمات شهری و نظایر آن صادق است . بهتر است این مطلب را اینگونه بیان کنیم که گمرک نیز مانند بسیاری از سازمانها که هر اجتماع کوچک یا بزرگی در بدو پیدایش به وجود آن نیازمند بوده است ، ایجاد گردیده است و به تدریج که احتیاجات دیگری مطرح شده سازمان یا سازمانهای جدیدتر در سطح ملی یا بین‌المللی مطابق آنچه امروز شاهد آن هستیم ، به وجود آمده است .

گمرک با ایجاد اولین نیروی دفاعی در کوچکترین مقیاس متصور ، به منظور حفظ قلمرو ملی یک نمونه کوچک از حکومتها ،‌ مانند یک قبیله ، بوجود آمد . اما اینکه این نیروچه نام داشته و یا نامیده می‌شده ، و تشکیلات اداری آن چگونه بوده، به طور مسلم از چندین هزار سال قبل سابقه چندان مستندی وجود ندارد ، ولی قراین نشان می‌دهد هرکجا مبادله بازرگانی بوده این تشکیلات یا به طور کلی گمرک وجود داشته است .