فایل ورد کامل تحقیق پورفیرین و کاربردهای دارویی و مشکلات آن و شبیه سازی دینامیک ملکولی ۵۸ صفحه در word

توجه : به همراه فایل word این محصول فایل پاورپوینت (PowerPoint) و اسلاید های آن به صورت هدیه ارائه خواهد شد

 فایل ورد کامل تحقیق پورفیرین و کاربردهای دارویی و مشکلات آن و شبیه سازی دینامیک ملکولی ۵۸ صفحه در word دارای ۵۸ صفحه می باشد و دارای تنظیمات در microsoft word می باشد و آماده پرینت یا چاپ است

لطفا نگران مطالب داخل فایل نباشید، مطالب داخل صفحات بسیار عالی و قابل درک برای شما می باشد، ما عالی بودن این فایل رو تضمین می کنیم.

فایل ورد فایل ورد کامل تحقیق پورفیرین و کاربردهای دارویی و مشکلات آن و شبیه سازی دینامیک ملکولی ۵۸ صفحه در word  کاملا فرمت بندی و تنظیم شده در استاندارد دانشگاه  و مراکز دولتی می باشد.

توجه : در صورت  مشاهده  بهم ریختگی احتمالی در متون زیر ،دلیل ان کپی کردن این مطالب از داخل فایل ورد می باشد و در فایل اصلی فایل ورد کامل تحقیق پورفیرین و کاربردهای دارویی و مشکلات آن و شبیه سازی دینامیک ملکولی ۵۸ صفحه در word،به هیچ وجه بهم ریختگی وجود ندارد

بخشی از متن فایل ورد کامل تحقیق پورفیرین و کاربردهای دارویی و مشکلات آن و شبیه سازی دینامیک ملکولی ۵۸ صفحه در word :

بخشی از فهرست مطالب فایل ورد کامل تحقیق پورفیرین و کاربردهای دارویی و مشکلات آن و شبیه سازی دینامیک ملکولی ۵۸ صفحه در word

مقدمه    
۱-۱- پورفیرین    
۱-۲- خواص پورفیرینها    
۱-۳- پورفیرینها و ترکیبات مرتبط    
۱-۴- یونیزه شدن پورفیرینها    
۱-۵- عوامل موثر بر فعالیت پورفیرینها    
۱-۶- تجمع پورفیرین    
۱-۷- کاربردهای دارویی پورفیرین ها    
۱-۸- مشکلات پورفیرین و علت طراحی استخلافات:    
شبیه سازی دینامیک ملکولی    
۱-۹- تاریخچه شبیه سازی دینامیک ملکولی    
۱-۱۰- شبیه سازی دینامیک ملکولی    
۱-۱۱- اهداف دینامیک ملکولی    
۱-۱۲- مکانیک آماری، دینامیک ملکولی(MD) و مبانی آن    
۱-۱۳- معادلات حرکت    
۱-۱۴- محاسبه خواص ترمودینامیکی ساده    
۱-۱۴-۱- انرژی پتانسیل    
۱-۱۴-۲- انرژی جنبشی    
۱-۱۴-۳- انرژی کل    
۱-۱۴-۴- ظرفیت گرمایی    
۱-۱۵- میدانهای نیرو    
۱-۱۵-۱- برهمکنشهای غیرپیوندی    
۱-۱۵-۱-۱- برهمکنش‌های لنارد – جونز    
۱-۱۵-۱-۲- برهمکنش کولمبی    
۱-۱۵-۲- برهمکنشهای پیوندی    
۱-۱۵-۲-۱- برهمکنش‌های کشش پیوندی    
۱-۱۵-۲-۳-  برهمکنش‌های زاویه دای‌هدرال    
۱-۱۶- روشهای حل معادلات حرکت کلاسیکی    
۱-۱۶-۱- الگوریتم ورلت    
۱-۱۷- نگاهی اجمالی به شبیه سازیهای MD پورفیرین    
۱-۱۸- درمان فتودینامیکی    
۱-۱۹- درمان فتودینامیکی با پورفیرین    
داکینگ ملکولی    
۱-۲۰- اتصالات مولکولی    
۱-۲۱- بعضی از قوانین پایه    
۱-۲۲- افنیته اتصال    
۱-۲۳- تعیین محل اتصال    
۱-۲۴- الگوریتم جستجو    
۱-۲۵- نگرشی بر این روش    
۱-۲۶- روشهای مقایسه الگوریتمها    
ارتباط کمی ساختار-ویژگی    
۱-۲۷ کمومتریکس    
۱-۲۸- ارتباط کمی ساختار- ویژگی    
۱-۲۹- جمع آوری سری داده ها    
۱-۳۰- بهینه سازی ساختار هندسی ترکیبات    
۱-۳۱- محاسبه توصیف کنندهها    
۱-۳۲- انتخاب بهترین توصیف کنندهها    
۱-۳۳- مدل سازی    
۱-۳۳-۱- استفاده از روش های آماری چند متغیره    
۱-۳۳-۲- استفاده از روش های غیر خطی    
۱-۳۳-۳- رگرسیون خطی چندگانه(MLR)    
۱-۳۴- آنالیز مدل های آماری و انتخاب مدل مناسب    
۱-۳۵- تجزیه عاملی چیست؟    
۱-۳۵-۱ روش تجزیه مؤلفه اصلی (PCA)    
۱-۳۶- مروری بر مطالعات پیشین    
منابع    

بخشی از منابع و مراجع فایل ورد کامل تحقیق پورفیرین و کاربردهای دارویی و مشکلات آن و شبیه سازی دینامیک ملکولی ۵۸ صفحه در word

. Manssnat, D. L. Vandeginste, B. G. Deming, S. N. Kaufman L., (1998). “Chemometrics”. A Text Book., Elsevier, Amesterdom

. Romanelli, G. P. Autio, J. C. Castro. E. A., (2002). Turk.J.Chem., Vol. 26. PP. 335-

. Ribo, J. M. Crustas, J. Farrera, J. A. Valero; M. L., (1994). “Aggregation in water solutions of tetrasodium diprotonated meso-tetrakis (4-sulfonatophenyl)porphyrin”. Journal of Chemical Society., Vol. 2, PP. 681-

Hui-Li, M. Wei-Jun; J., (2008). “Molecular and Biomolecular Spectroscopy”. Spectrochimica Acta Part A., Vol. 5, PP. 1-

. Lamrabte, A. Janot, J. M. Bienvenue, E. Momenteau, M. Seta; P., (1991). “Mechanism and kinetic analysis of the photo-induced electron transfer mediated by a stacked metallotriporphyrin in planar lipid bilayers”. Photochemistry., Vol. 54, PP. 123-

. Pasternack, P. J., (1995). “Resonance light scattering: a new technique for studying chromophore aggregation”. Collings; Science., Vol. 269, PP. 935-

. Saxl, R. L. Changchien, L. Hardy L. W. Maley F. (2001). “Parameters Affecting the Restoration of Activity to Inactive Mutants of Thymidylate Synthase via Subunit Exchange, ” J. Biochem., Vol.  ۴۰, PP. 5275-

. Potler, D. (1922). “Computational Physics“, Wiley, New York

. Ewing, T., Makino, S., Skillman, A., Kuntz, I., (2001). “An analysis of docking study on tuberculosis inhibitors”. Comput Aided Mol. Des., Vol. 15, PP. 411-

. McConkey, B.J.; Sobolev, V.; Edelman, M., (2002). “The performance of current methods in ligand–protein docking”, Curent Science.Vol. 83. PP. 7-

. Warshel, A. Parson; W.W., (1987). “Spontaneously organized molecular assemblies. 3. Preparation and properties of solution adsorbed monolayers of organic disulfides on gold surfaces”. Journal of American Chemical Society., Vol. 109, PP. 6143-

. Daivis, P. J. Evans, D. J. Morriss, G. P., (1992). “Computer simulation study of the comparative rheology of branched and linear alkanes”. Journal of Chemical physic., Vol. 97, PP. 616-

. Smith, S. W. Hall, C. K. Freeman, B. D., (1996). “Molecular dynamics study of entangled hard-chain fluids. “J. Chem. phys., Vol. 104, pp. 5615-

. Paul, S. Amalraj, F. Radhakrishnan, S., (2009). “CO sensor based on polypyrrole functionalized with iron porphyrin”. Synthetic Metals., Vol. 159, PP. 1019–۱۰۲۳

Zhang, C. Suslick, K. S., (2005). “Syntheses of boronic-acidappended metalloporphyrins as potential colorimetric sensors for sugars and carbohydrates”. Porphyrins and Phthalocyanines., Vol. 9, PP. 659–۶۶۶

 مقدمه

۱-۱- پورفیرین

پورفیرین­ها گروهی از ترکیبات آلی هستد که در طبیعت به صورت های مختلفی وجود دارند. یکی از معروف ترین پورفیرین­های شناخته شده، هم می باشد که همان رنگدانه ی موجوددر سلول­های خون است و کوفاکتور سلول­های هموگلوبین است. آن ماکرو سیکل­های هترو سیکلی است که از ۴ واحد پیرول تغییر یافته تشکیل شده است و اتم کربن آلفا­ی آن از طریق پل­های متین به هم متصل شده­اند ]۱[

هر چند که کمپلکس­های پورفیرین طبیعی برای زندگی ضروری هستند ولی پورفیرین­های سنتزی کاربرد­های محدود تری دارند. به عنوان نمونه کمپلکس­های مزو-تترا فنیل پورفیرین، انواع مختلف واکنش­ها را در سنتز آلی کاتالیز می­کنند ولی هیچ کدام از آن ها ارزش کاربردی ندارد. ترکیبات پورفیرینی در بلوک­های ساختمانی سوپرا ملکولی و الکترونی ملکولی مورد توجه زیادی قرار گرفته­اند. فتالوسیانین­ها که ساختار مشابه با پورفیرین دارند در مصارف تجاری به عنوان رنگ­ها و کاتالیزور­ها به کار می­روند. رنگ­های پورفیرینی سنتزی که در طراحی سل­های خورشیدی به کار می­روند موضوع جدید تحقیقات پیشرفته است. ساختار ملکولی پورفیرین در سال ۱۹۱۲ توسط کاستر پیشنهاد شد ]۲[. در آن زمان تصور می­شد که چنین حلقه بزرگی ناپایدار است تا اینکه در سال ۱۹۲۹ فیشر[۱] توانست با سنتز پروتوهم[۲]  این ساختار مولکولی را برای پورفیرین تایید کند [۳]. ساده­ترین ساختار پورفیرین که فاقد استخلاف­های جانبی می­باشد و پورفین[۳] نامیده می­شود که در شکل ۱-۱ نشان داده شده ­است

۱-۲- خواص پورفیرین­ها

پورفیرین­ها آروماتیک هستد و به دلیل آروماتیسیته از قانون هوکل پیروی می­کنند. دارای ۴n+2= الکترون هستند که در ماکروسیکل مستقر شده است. بنابر این ماکروسیل­ها، سیستم های فوق العاده مزدوج هستند در نتیجه ی این امر، باند­های جذبی قوی در ناحیه­ی مرئی دارند و شدیدا رنگی می­باشند. اندازه­گیری گرمای سوختن و طیف بینی NMR پورفیرین­ها، آروماتیک بودن آن­ها را نشان می­دهد[۴]. نام پورفیرین از کلمه ی یونانی purple به معنای بنفش آمده است. ماکروسیل آن ۲۶الکترون پای دارد

امروزه داده­های بلور­شناسی نشان می­دهند که مولکول پورفیرین به طور کامل سخت و انعطاف­ناپذیر نیست، بلکه یک سیستم انعطاف پذیر با سد انرژی پایین برای تغییر شکل­های خارج­صفحه­ای[۴]­ است و شکل هندسی آن به طور قابل توجهی تحت تاثیر برهم کنش­های بلوری بین مولکولی می­باشد به طوری که ساختار پورفیرین کاملا مسطح[۵] بوده و ساختار تترافنیل پورفیرین کاملا چین­خورده[۶] می­باشد [۵]

با جایگزینی گروه­های مختلف در موقعیت­های مختلف پیرولی یا مزو، از مولکول پورفین به پورفیرین می­رسیم. از طرفی ویژگی الکترونی استخلاف­ها از جمله الکترون کشندگی یا الکترون دهندگی سبب تغییر خواص پورفیرین­ها می­شود [۶]. ترکیبات پورفیرینی که دارای دو هیدروژن بر روی نیتروژن­ها هستند، باز آزاد[۷] نامیده می­شوند (شکل ۱-۲ الف). افزایش یک پروتون، منجر به تشکیل مونواسید[۸] یا مونوکاتیون (شکل ۱-۲ ب) می­شود و افزایش یک پروتون دیگر، تشکیل دی­اسید[۹] یا دی­کاتیون (شکل ۱-۲ ج) را می­دهد که در آن پورفیرین دارای بار ۲+ است. پورفیرین­ها می­توانند با از دست دادن دو هیدروژن خود در حالت باز آزاد، به صورت دی آنیون درآیند که در فرم دی­آنیون قادرند با یون­های فلزی ۲+ و ۳+ کمپلکس­های فلزی پورفیرین­ها را تشکیل دهند

۱-۳- پورفیرین­ها و ترکیبات مرتبط

پورفیرین بدون فلز در حفره اش نیز باز آزاد نامیده می­شود. بعضی از پورفیرین­های حاوی آهن هم نامیده می­شوند. هم حاوی پروتئین ها هموپروتئین­ها می­باشد که به طور گسترده­ای در طبیعت یافت می­شود. هموگلوبین و میوگلوبین دو پروتئین پیوندی اکسیژن هستند که حاوی پورفیرین­های آهن دار می­باشند. چندین هتروسیکل دیگر در ارتباط با پورفیرین وجود دارد. این هتروسیکل­ها شامل کورین­ها، کلرین­ها، باکتریو­کلرفیل­ها و کورفین­ها می­باشد

از شبه پورفیرین­های طبیعی می­توان به کورین­ها[۱۰] شکل(۱-۳) اشاره کرد. کورین­ها ماکروسیکل­هایی متشکل از چهار حلقه پیرولی هستند که از چهار اتم نیتروژن خود برای اتصال به فلز استفاده می­کنند. کورین­ها در این حالت تقریبا شکل مسطح مربعی دارند.  تفاوت اصلی کورین با پورفیرین، نبود یک اتم کربن متین است که اتصال دهنده دو تا از حلقه­­های پیرول است. این عامل، سبب به هم ریختن هندسه فلز مرکزی است و نیز باعث به وجود آمدن برخی خواص جالب برای کمپلکس مذکور است

کلرین­ها بیشتر احیا شده، هیدروژن بیشتری نسبت به پورفیرین دارند و زیر واحد پیرولینی دارند. این ساختار در کلروفیل رخ می­دهد. جایگزینی دو زیر واحد از چهار زیر واحد پیرولی با زیر واحد پیرولینی، منجر به باکتریوکلرین­ها می­شود که در باکتری­های فتوسنتز کننده یافت می­شود. پروتوپورفیرین[۱] (شکل۱- ۴) یکی از فراوان­ترین پورفیرین­های موجود در طبیعت است. از جانشین کردن کربن­های ۵، ۱۰، ۱۵و۲۰ پورفین با نیتروژن و اتصال حلقه­های پیرول با چهار حلقه بنزن ترکیب معروف رنگی، به نام فتالوسیانین (شکل۱-۵) حاصل می­شود. دو ترکیب مهم دیگر موجود در طبیعت کلروفیل[۲] (شکل۱-۶) و ویتامین B_۱۲ [۷] (شکل۱-۷) می­باشند

ماکروسیکل­های تتراپیرولی، که پورفیرین­ها دسته­ای از آنها هستند، در طبیعت جهت اتصال فلز در سیستم­های آنزیمی و کمپلکس­های مربوطه استفاده می­شوند و عهده­دار کارهای زیادی هستند. توانایی کاتالیزوری پورفیرین­ها به وضعیت الکترونی فلز مرکزی، هندسه حلقه پورفیرین و طبیعت لیگاندهای محوری بستگی دارد [۸]

[۱]. portoporphyrin

[۲]. chlorophyll

[۱]. Fisher

[۲]. Protoheme

[۳]. Porphine

[۴]. out-of-plane deformations

[۵]. planar

[۶]. ruffled

[۷]. porphyrin free base

[۸]. monoacid

[۹]. diacid or dication

[۱۰]. corrins