فایل ورد کامل روش بهینه سازی ازدحام ذرات برای پیش بینی ساختار پروتئین در مدل سه بعدی HP

توجه : به همراه فایل word این محصول فایل پاورپوینت (PowerPoint) و اسلاید های آن به صورت هدیه ارائه خواهد شد

این مقاله، ترجمه شده یک مقاله مرجع و معتبر انگلیسی می باشد که به صورت بسیار عالی توسط متخصصین این رشته ترجمه شده است و به صورت فایل ورد (microsoft word) ارائه می گردد

متن داخلی مقاله بسیار عالی، پر محتوا و قابل درک می باشد و شما از استفاده ی آن بسیار لذت خواهید برد. ما عالی بودن این مقاله را تضمین می کنیم

فایل ورد این مقاله بسیار خوب تایپ شده و قابل کپی و ویرایش می باشد و تنظیمات آن نیز به صورت عالی انجام شده است؛ به همراه فایل ورد این مقاله یک فایل پاور پوینت نیز به شما ارئه خواهد شد که دارای یک قالب بسیار زیبا و تنظیمات نمایشی متعدد می باشد

توجه : در صورت مشاهده بهم ریختگی احتمالی در متون زیر ،دلیل ان کپی کردن این مطالب از داخل فایل می باشد و در فایل اصلی فایل ورد کامل روش بهینه سازی ازدحام ذرات برای پیش بینی ساختار پروتئین در مدل سه بعدی HP،به هیچ وجه بهم ریختگی وجود ندارد

تعداد صفحات این فایل: ۲۶ صفحه

۵ نتیجه گیری

ما یک الگوریتم مبتنی بر PSO را برای حل مسئله PSP در مدل سه بعدی HP معرفی نموده ایم. با توجه به توالی از HS و PS، که در آن H نشان دهنده یک اسید آمینه آبگریز و P نشان دهنده یک اسید آمینه قطبی است، هدف ما، پیدا کردن ساختار سه بعدی است که نقشه‌ای از توالی معین به یک شبکه سه بعدی مشخص با یک هسته آبگریز است، به طوری که تعداد تماس های H-H حداکثر باشد. الگوریتم PSO پیشنهادی ما (نسخه ۱) به طور موثر به بررسی فضای جستجوی راه حل های ممکن و ساختار سه‌بعدی با انرژی کم می پردازد. با مجموعه ای از راه‌حل‌های بالقوه به صورت تصادفی ایجاد شده و یا ذرات جمع شده در ازدحام شروع می شود. این ذرات برای مقدار تابع انرژی خود ارزیابی می شوند. در هر تکرار، این ازدحام با استفاده از یک تابع که سرعت ذرات را به روز رسانی می کند به روز می شود که اپراتور اصلی الگوریتم است. وظیفه این اپراتور، کشف مناطق جدید از فضای جستجو برای پیدا کردن راه حل های مطلوب است. عملکرد الگوریتم ما توسط مقایسه آن با نتایج حاصل از الگوریتم های قبلی با استفاده از همان مجموعه از توالی‌های معیار ارزیابی می‌شود. نشان داده شده است که الگوریتم PSO ما نتایج بهتری از نتایج منتشر شده توسط رسیدن به مقدار انرژی با همان تعداد کمتر از ارزیابی انرژی برای دنباله های کوچک و با پیدا کردن ساختارهای انرژی کمتر برای آنهایی که طولانی تر است، تولید می نماید.

عنوان انگلیسی:Particle Swarm Optimization Approach for Protein Structure Prediction in the 3D HP Model~~en~~

۵ Conclusion

We have presented a PSO based algorithm for solving the PSP problem in the 3D HP model. Given a sequence of Hs and Ps, where H represents a hydrophobic amino acid and P represents a polar one, we aim to find the 3D structure, which is a map of the given sequence into a 3D lattice characterized with a hydrophobic core, such that the number of H-H contacts is maximized. Our proposed PSO algorithm (Version 1) efficiently explores the search space of possible solutions and returns the 3D structure with low energy. It starts with a set of randomly created potential solutions or particles gathered in a swarm. These particles are evaluated for their energy function values. At every iteration, this swarm is updated using a function that updates the velocity of the particle, which is the main operator of the algorithm. This operator’s task is to explore new areas of the search space to find the optimal solutions. The performance of our algorithm is evaluated by comparing it to the results of previous algorithms using the same set of benchmark sequences. Our PSO algorithm has been shown to produce better results than these published results by reaching the same energy values with a fewer number of energy evaluations for the small sequences and by finding lower energy structures for the longer ones.

$$en!!