فایل ورد کامل بهینه سازی گردش کار عملکرد و کیفیت سرویس برای کاربرد بیوانفورماتیک در محاسبات با عملکرد بالا

توجه : به همراه فایل word این محصول فایل پاورپوینت (PowerPoint) و اسلاید های آن به صورت هدیه ارائه خواهد شد

این مقاله، ترجمه شده یک مقاله مرجع و معتبر انگلیسی می باشد که به صورت بسیار عالی توسط متخصصین این رشته ترجمه شده است و به صورت فایل ورد (microsoft word) ارائه می گردد

متن داخلی مقاله بسیار عالی، پر محتوا و قابل درک می باشد و شما از استفاده ی آن بسیار لذت خواهید برد. ما عالی بودن این مقاله را تضمین می کنیم

فایل ورد این مقاله بسیار خوب تایپ شده و قابل کپی و ویرایش می باشد و تنظیمات آن نیز به صورت عالی انجام شده است؛ به همراه فایل ورد این مقاله یک فایل پاور پوینت نیز به شما ارئه خواهد شد که دارای یک قالب بسیار زیبا و تنظیمات نمایشی متعدد می باشد

توجه : در صورت مشاهده بهم ریختگی احتمالی در متون زیر ،دلیل ان کپی کردن این مطالب از داخل فایل می باشد و در فایل اصلی فایل ورد کامل بهینه سازی گردش کار عملکرد و کیفیت سرویس برای کاربرد بیوانفورماتیک در محاسبات با عملکرد بالا،به هیچ وجه بهم ریختگی وجود ندارد

تعداد صفحات این فایل: ۲۴ صفحه

۷ نتیجه گیری
گردش کار بهینه سازی ارائه شده به بهبود عملکرد نرم افزار بیوانفورماتیک کمک می کند و ما این بهبود را در عملکرد، مقیاس پذیری، استفاده از سیستم و بازده موازی با استفاده از محبوب ترین الگوریتم مسیریابی به نام BWAMEM نشان دادیم . ما از داده های ژنوم استاندارد که از Bio-پلنت دانلود شده برای آزمایش هایمان در سیستم High-end HPC با دو ساختار مختلف (اینتل و AMD) تا حدود ۶۴ هسته / گره استفاده کردیم. در نتیجه، بهبود عملکرد به ترتیب بر روی سیستم های اینتل و AMD با مقیاس پذیری ۳۹و ۶۷، تا ۶۶ و ۲۰۰، بهبود یافت، و بازده موازی به ترتیب تا ۲۸ و۳۹ در سیستم High-end HPC بهبود یافت. ما می توانیم کاربرد سیستمی را بر روی ساختار اینتل تا ۳۸ بهبود ببخشیم. نتایج بهینه ی به دست آمده با استفاده از استاندارد BamUtil معتبرسازی شدند و ما مشاهده کردیم که دقت نتایج در مقایسه با نتایج مبنا ۹۹۹۷ است. به طورخلاصه، بهترین QoS را می توان با استفاده از بهینه سازی گردش کار سیستماتیک ارائه شده ی ما برای برنامه های کاربردی بیوانفورماتیک بدست آورد.

عنوان انگلیسی:Workflow optimization of performance and quality of service for bioinformatics application in high performance computing~~en~~

۷ Conclusion

The proposed optimization workflow helps to improve the bioinformatics application performance and we have demonstrated this improvement in performance, scalability, system utilization and parallel efficiency using the most popular BWAMEM alignment algorithm. We used a standard genome data downloaded from Bio-planet for our experiments on high-end HPC systems with two different architectures (Intel and AMD) up to 64 cores/node. As a result, the, performance was improved respectively on Intel and AMD systems by 39% and 67%, scalability extended to 66% and 200%, parallel efficiency improved by 28% and 39% in the high-end HPC systems. We were able to improve the system utilization up to 38% on Intel architecture. The optimized results are validated using the standard BamUtil and we observed 99.97% accurate results compared to baseline results. As a summary, the best QoS can be obtained using our proposed systematic workflow optimization for the bioinformatics applications.

$$en!!