فایل ورد کامل تحقیق ترانسفورماسیون و سیستم نوترکیبی مبتنی بر?-Red و معرفی و کاربرد تکنیک PCR و تشخیص آزمایشگاهی باکتری E.coli و Shigella و Vibrio Cholerae 37 صفحه در word

توجه : به همراه فایل word این محصول فایل پاورپوینت (PowerPoint) و اسلاید های آن به صورت هدیه ارائه خواهد شد

 فایل ورد کامل تحقیق ترانسفورماسیون و سیستم نوترکیبی مبتنی بر?-Red و معرفی و کاربرد تکنیک PCR و تشخیص آزمایشگاهی باکتری E.coli و Shigella و Vibrio Cholerae 37 صفحه در word دارای ۳۷ صفحه می باشد و دارای تنظیمات در microsoft word می باشد و آماده پرینت یا چاپ است

لطفا نگران مطالب داخل فایل نباشید، مطالب داخل صفحات بسیار عالی و قابل درک برای شما می باشد، ما عالی بودن این فایل رو تضمین می کنیم.

فایل ورد فایل ورد کامل تحقیق ترانسفورماسیون و سیستم نوترکیبی مبتنی بر?-Red و معرفی و کاربرد تکنیک PCR و تشخیص آزمایشگاهی باکتری E.coli و Shigella و Vibrio Cholerae 37 صفحه در word  کاملا فرمت بندی و تنظیم شده در استاندارد دانشگاه  و مراکز دولتی می باشد.

توجه : در صورت  مشاهده  بهم ریختگی احتمالی در متون زیر ،دلیل ان کپی کردن این مطالب از داخل فایل ورد می باشد و در فایل اصلی فایل ورد کامل تحقیق ترانسفورماسیون و سیستم نوترکیبی مبتنی بر?-Red و معرفی و کاربرد تکنیک PCR و تشخیص آزمایشگاهی باکتری E.coli و Shigella و Vibrio Cholerae 37 صفحه در word،به هیچ وجه بهم ریختگی وجود ندارد

بخشی از متن فایل ورد کامل تحقیق ترانسفورماسیون و سیستم نوترکیبی مبتنی بر?-Red و معرفی و کاربرد تکنیک PCR و تشخیص آزمایشگاهی باکتری E.coli و Shigella و Vibrio Cholerae 37 صفحه در word :

بخشی از فهرست مطالب فایل ورد کامل تحقیق ترانسفورماسیون و سیستم نوترکیبی مبتنی بر?-Red و معرفی و کاربرد تکنیک PCR و تشخیص آزمایشگاهی باکتری E.coli و Shigella و Vibrio Cholerae 37 صفحه در word

۱-۱ انتقال ژن در باکتری    
۱-۲ ترانسفورماسیون    
۱-۳  نوترکیبی    
۱-۴ تعریف PCR    
۱-۴-۱ کاربردهای PCR :    
۱-۴-۲ تهیهی نسخه های متعدد از یک ژن    
۱-۴-۳  مراحل آزمایشگاهی PCR:    
۱-۵ Real-Time PCR ‏    
۱-۵-۱ کاربردهای Real Time PCR    
۱-۵-۲ اصول کارReal Time PCR    
۱-۵-۳روش کار Real Time PCR    
۱-۵-۴ آنالیزهای کمی در Real time PCR    
۱-۵-۵  روش منحنی استاندارد(مقایسه مطلق)    
۱-۵-۶ روش آستانه نسبی(مقایسه نسبی)    
۱-۶E.coli    
۱-۶-۱ خصوصیات عمومی    
۱-۶-۲ تقسیم‌های دوتایی و پیاپی E.coli    
۱-۶-۳ کاربردها    
۱-۶-۴ تشخیص آزمایشگاهی باکتری E.coli    
۱-۷  Shigella    
۱-۷-۱ تشخیص آزمایشگاهی باکتری Shigella    
۱-۷-۲ بیماری زایی    
۱-۸  Vibrio Cholerae    
۱-۸-۱ شناسایی و طبقهبندی    
۱-۸-۲ فیزیولوژی    
۱-۸-۳ عوامل موثر در بیماری زایی    
۱-۸-۴  تأیید بیوشیمیایی    
۱-۸-۴-۱ واکنش بر روی محیط TS  یا KIA    
۱-۸-۴-۲ تستهای دکربوکسیلاز-دهیدرولاز    
۱-۸-۴-۳  تست نیاز به نمک برای رشد    
۱-۸-۴-۴ حساسیت به ترکیب ویبریواستاتیک ۱۲۹/O    
۱-۹ رشد و نمو باکتریها    
۱-۱۰زمان تقسیم سلولی    
۱-۱۱ مراحل رشد و منحنی رشد باکتریها    
۱-۱۲منحنی رشد باکتریایی    
شکل (۱-۵) منحنی رشد باکتریایی    
۱-۱۲-۱ مرحله ی خفته یا تاخیری (Lag phase)    
۱-۱۲-۲ مرحله ی فعال تکثیر یا رشد و تکثیر لگاریتمی (Logphase)    
۱-۱۲-۳  مرحله ی سکون یا تکثیر کند (Stationary phase)    
۱-۱۲-۴ مرحله ی زوال یا مرگ (Deathphase)    
۱-۱۳سرعت رشد و زمان نسل    
۱- ۱۴ محاسبه زمان نسل باکتری    
۱-۱۵ شیوههای سنجش تعداد سلول    
۱-۱۶ محیطهای کشت:    
۱-۱۶-۱محیط کشت مایع:    
۱-۱۶-۲ محیط کشت جامد:    
۱-۱۷ تاریخچه ترانسفورماسیون    
۱-۱۸ سیستم نوترکیبی مبتنی بر-Red    
۱-۱۹ پلاسمید PKD46    
فهرست منابع و مآخذ    

بخشی از منابع و مراجع فایل ورد کامل تحقیق ترانسفورماسیون و سیستم نوترکیبی مبتنی بر?-Red و معرفی و کاربرد تکنیک PCR و تشخیص آزمایشگاهی باکتری E.coli و Shigella و Vibrio Cholerae 37 صفحه در word

Porter, M. E., Dorman, C. J, (1997), Virulence gene deletion frequency is increased in Shigella flexneri following conjugation, transduction, and transformation. FEMS Microbiol Lett, 147(1), 163-

Hamood, A. N., Pettis, G. S., Parker, C. D., McIntosh, M. A, ( 1986), Isolation and characterization of the Vibrio cholerae recA gene. J Bacteriol, 167(1), 375-

Burrus, V., Quezada-Calvillo, R., Marrero, J., Waldor, M. K, (2006), SXT-related integrating conjugative element in New World Vibrio cholerae. Appl Environ Microbiol, 72(4), 3054-

Yamamoto, S., Izumiya, H., Morita, M., Arakawa, E., and Watanab, H,(2009), Application of Red recombination system to Vibrio cholerae genetics: Simple methods for inactivation and modification of chromosomal genes. Gene 438, 57–۶۴

Yamamoto, K., Do Valle, G. R., Xu, M., Miwatani, T., Honda, T, (1995), Amino acids of the cholera toxin from Vibrio cholerae O37 strain S7 which differ from those of strain O1. Gene. 163(1), 155-

Sharan, S.K., Thomason, L. C., Kuznetsov, S. G., Court, D. L, (2009), Recombineering: a homologous recombination-based method of genetic engineering. Nat Protoc. 4(2), 206-

Michalski, J., Galen, J. E., Fasano, A,. and Kaperi, J. B, (1993), CVD110, an attenuated Vibrio cholerae 01 El Tor live oral vaccine strain. Infection and immunity, 61(10), 4462-

Saleh-Gohari, N., Bryant, H. E, Schultz, N., Parker, K. M., Cassel, T. N., and Helleday, T, (2005),  Spontaneous homologous recombination is induced by collapsed replication forks that are caused by endogenous DNA single-strand breaks. Molecular and Cellular Biology, 25(16), 7158–۷۱۶۹

Murphy, K. C., Campellone, K. G., and Poteete, A. R, (2000), PCR-mediated gene replacement in Escherichia coli. Gene, 246, 321–۳۳۰

Murphy, K. C, (1988), Use of bacteriophage lambda recombination functions to promote gene replacement in Escherichia coli. J Bacteriol, 180(8), 2063-

Brüssow, H., Canchaya, C., Hardt, W. D, (2004), Phages and the evolution of bacterial pathogens: from genomic rearrangements to lysogenic conversion. Microbiol Mol Biol Rev, 68(3), 560-

Carter, D. M., Radding, C. M,  (۱۹۷۱), The role of exonuclease and beta protein of phage lambda in genetic recombination. II. Substrate specificity and the mode of action of lambda exonuclease.  Proc Natl Acad Sci U S A,  ۲۴۶(۸), ۲۵۰۲-۱۲

۱-۱ انتقال ژن در باکتری

در اکثر باکتری ها توراث ژنها اغلب به صورت عمودی است اما قسمت قابل توجهی از آن توسط انتقال جانبی یا عرضی بین باکتری ها انتقال می یابد. عناصر ژنتیکی متحرک مثل پلاسمیدها، باکتریوفاژها و ترانسپوزون ها به همراه تغییرات ژنی مثل حذف، اضافه شدن و ترتیب دوباره ژن ها سیر تکاملی پروکاریوتها را تسریع کرده اند و باعث ایجاد تغییرات در ژنوم  باکتری ها و در نتیجه ایجاد تنوع ژنتیکی گردیده اند. باکتری ها با توجه به داشتن ژنوم کوچکتر نسبت به یوکاریوتها توانایی بیشتری برای به اشتراک گذاشتن ژنوم­شان از طریق انتقال عرضی ژن توسط هم یوغی، ترانسداکشن[۱] و ترانسفورمیشن[۲] دارند. مهمترین فرآیند هم یوغی است که طی تمـاس مستقیـم سلول با سلول اتفاق می­افتد (Proter 1997;  Burrus 2006)

هم یوغی امکان تغیرات ژنتیکی بین باکتریها و گاه حتی بین سلولهای یوکاریوتی را امکان پذیر می سازد و اغلب توسط آن ژن های موجود بر روی « پلاسمیدهای کانژوگه» منتقل می شوند. ترانسداکشن نوع دیگری از انتقال افقی ژن است که توسط ویروس ها و باکتریوفاژها صورت می پذیرد. بعضی از باکتریوفاژها می توانند به صورت یک پروفاژ به داخل کروموزوم باکتری میزبان وارد شده و باعث لیزوژنی آن شوند. پروفاژها قسمت مهمی از اکتساب افقی ژن را در DNA بسیاری از باکتریها به خود اختصاص داده اند. گاهی اوقات باکتریوفاژها باعث انتقال قسمت های متحرک دیگری از DNA باکتری و یا قسمتی دیگر از DNA ثابت باکتری می شوند و این زمانی اتفاق می افتد که خروج فاژ به صورت دقیق صورت نگیرد. این مرحله ترانسداکشن تخصصی [۳] نامیده می شود

سومین نحوه انتقال ترانسفورمیشن است که در آن DNA آزاد از محیط برداشته میشود. برای پایدار ماندن DNA وارد شده به ژنوم میزبان طی هر سه روش احتیاج به یک سری مراحل حمایت کننده مثل نوترکیبی یکسان[۴] می باشد. همگان قبول دارند که اکتساب توالی های جدید و توسعه ژنوم امری حیاتی برای تکامل میباشند. این که آیا ژن های اکتسابی در باکتری نگه داشته می شوند و یا این که چگونه باقی
می مانند بستگی به عملکرد آن ژنها و فشار انتخابی محیط برای نگه داشتن آن دارد .( Proter 1997)

۱-۲ ترانسفورماسیون

ترانسفورماسیون یکی از راههای انتقال توارث به سایر باکتریها میباشد. در این روش یک تکه DNA دو رشته ای آزاد در محیط به سطح یک باکتری دیگر متصل شده و تنها یک رشته آن وارد باکتری شده و در کروموزوم باکتری میزبان ادغام می شود. برای داخل شدن قطعه ای از DNA در درون کروموزوم، عملکرد اپرون UVrABCD (UV در اول اسم اپرون مخفف پرتو UVاست ) ژن rec A بر اثر عوامل مثل uv ، عوامل شیمیایی و ورود DNA  تک رشته ای به درون باکتری فعال میشود و rABCD مخفف ژنهایrecA, recB, recC  و recD میباشد) این اپرون شامل ژنهای recA, recB, recC وrecD  میباشد. فرآیند نوترکیبی[۵] بواسطه پروتئین RecA فعال میگردد. در این فرآیند، اگر DNAتک رشته ای وارد شده در باکتری، با ناحیه ای از کروموزوم تشابه داشته باشد، تعویض میگردد که این جابجایی بواسطه پروتئین RecA انجام می پذیرد. از طرفی ژنهایrecB, recC  وrecD نقش تنظیمی، با عملکرد منفی بر روی ژن recA را بازی میکنند(Hamood et al., 1986)

در حال حاضر، در آزمایشگاههای تحقیقاتی، با استفاده از این سیستم و نحوه ادغام فاژ وکتوری (وکتور ها مولکول‌های DNA ای هستند که برای کلون کردن قطعات DNA در سلول های میزبان به کار می‌روند) را تولید نموده اند که میزان نوترکیبی را در باکتریها افزایش میدهند. در این وکتور سه ژن exo, bet  وgam را تحت یک پروموتری که با L-arabinose تحریک می شود قرار داده اند. عملکرد این سه ژن بدین صورت است که پروتئین Exo باعث هضم نوکلئوتیدها از قسمت ۵’ انتهای DNA دو رشته ای می­شود و پروتئین Bet با حفاظت از قسمت تک رشته ای ۳’ بوجود آمده، مانع تخریب آن میگردد.  نهایتا پروتئین Gam با ممانعت از عملکرد ژنهای  recB,recC  وrecD باعث تحریک  بیان ژن recA در باکتریها می شود (شکل۱-۱)

مارکر مقاومت آنتی بیوتیکی در این وکتور آمپی سیلین بوده و از نظر تعداد پلاسمید در باکتریها، جزء پلاسمیدهای شمارش تکرار پایین[۶]محسوب میگردد. بهترین دما، برای تکثیر این وکتور ۳۰ درجه سانتیگراد بوده و در دمای ۴۲-۳۷ درجه سانتیگراد از دست میرود. بنابراین از این نظر، جزء پلاسمیدهای حساس به دما[۷]  نیز تقسیم ­بندی میگردد (Yamamoto et al., 2009). مهمترین و کاربردی ترین پلاسمید در این زمینه pKD46 بوده که قابلیت تکثیر، در dysentrieae Shigella,E.coli, Vibrio Cholerae را دارد

۱-۳  نوترکیبی

نوترکیبی[۱] ژنتیکی فرآیندی است؛ که طی آن مولکول اسیدنوکلئیک شکسته شده و به شکل­های مختلف به یکدیگر متصل می شوند. این عمل در بیشتر مواقع مربوط به DNA و گاهی درRNA نیز دیده می شود. نوترکیبی می تواند بین کروموزوم های همولوگ باشد که به آن نوترکیبی همسان گفته می شود. نوترکیبی به طور معمول روشی برای ترمیم DNA پروکاریوت و یوکاریوت ها می باشد که در یوکاریوت ها در میوز رخ داده و به آن فرآیند کراسینگ اور می گویند. در طی آن جابه جایی کروموزوم پدر و مادری رخ می دهد و می‌تواند سبب تولید الل جدید شود. در سیستم ایمنی این فرآیند نقش بسیار مهمی را ایفا می­کند وسبب مقاومت بدن در مقابل بیماریزاهای مختلف می شود

[۱] Transformation

[۱]Transduction

[۲] Transformation

[۳]Specialized transduction

[۴]Homologous Recombination

[۵]Recombination

[۶]low copy number

[۷]Temperature sensitive